Eduardo Campos dos Santos
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Atualizado em: 19 de novembro de 2006 (em construção)

Solução de problemas em Bioinformática ou Bioquímica

Scripts, parses, algoritmos e outras aplicações e análises sobre problemas típicos em bioinformática.

Em geral, problemas e exercícios lançados em alguma disciplina ou que busquei através de colegas. Objetivo: praticar.

Problema: resgatar os dados do arquivo do DrugBank e inserí-los em uma base de dados MySQL

Problema proposto pelo amigo Sérgio Amorin de Alencar.
O arquivo de texto (txt) com os dados do DrugBank apresenta a estrutura onde cada registro (referente a determinado arquivo txt) inicia-se em uma linha no formato:

#BEGIN_DRUFCARDFILE APRD00001.txt

Em seguida encontra-se os campos designados por uma linha iniciada pelo caracter # e finalizados por uma linha em branco. O final do registro é denotado por uma linha no formato:

#END_DRUFCARDFILE

Os dados, no arquivo original do DrugBank, não são dispostos em formato tabular porque alguns campos (como aqueles contendo seqüências e outros com descrições) apresentam conteúdos demasiadamente extensos. Como resultado da solução do problema proposto, gerou-se um arquivo SQL contendo as devidas instruções para criação da tabela e inserções dos dados.

 

Problema: Dado um conjunto de genes, determinar o percentual de ocorrências de códons de um mesmo aminoácido

Trabalho de conclusão apresentado ao professor Frederico Campos da disciplina de "Ambientes de Computadores". O objetivo do trabalho foi desenvolver algum projeto onde são aplicadas técnicas de programação a algum problema na área de bioinformática. Cada aluno propôs um tema (ainda que simples) e desenvolveu um algoritmo para solucionar o problema proposto. No meu caso, busquei uma orientação do professor Beirão sobre um tema na área biológica. Um script em Perl foi desenvolvido ilustrando o uso de técnicas de programação estruturada abordadas no curso em algoritmos e em Pascal.

Problema: Considerações sobre o metabolismo de atleta corredor dos 100 metros rasos.

Trabalho proposto na disciplina "Introdução à Bioquímica e à Biologia Molecular" pelo professor Paulo Sérgio Lacerda Beirão. O metabolismo do atleta é estimado considerando-se três etapas: antes, durante e depois do exercício anaeróbico intenso.