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Scripts, parses, algoritmos e outras aplicações e análises sobre problemas típicos em bioinformática.
Em geral, problemas e exercícios lançados em alguma disciplina ou que busquei através de colegas. Objetivo: praticar.
Problema: resgatar os dados do arquivo do DrugBank e inserí-los em uma base de dados MySQL
Problema proposto pelo amigo Sérgio Amorin de Alencar.
O arquivo de texto (txt) com os dados do DrugBank apresenta a estrutura onde cada registro (referente a determinado arquivo txt) inicia-se em uma linha no formato:
#BEGIN_DRUFCARDFILE APRD00001.txt
Em seguida encontra-se os campos designados por uma linha iniciada pelo caracter # e finalizados por uma linha em branco. O final do registro é denotado por uma linha no formato:
#END_DRUFCARDFILE
Os dados, no arquivo original do DrugBank, não são dispostos em formato tabular porque alguns campos (como aqueles contendo seqüências e outros com descrições) apresentam conteúdos demasiadamente extensos. Como resultado da solução do problema proposto, gerou-se um arquivo SQL contendo as devidas instruções para criação da tabela e inserções dos dados.
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